Unter Nahrungsmittelunverträglichkeit werden gewöhnlich zwei verschiedene körperliche Phänomene zusammengefasst.

Zum einen kann damit eine Nahrungsmittelallergie gegen bestimmte Nahrungsmittel oder Nahrungsmittelbestandteile gemeint sein.

Zum anderen wird darunter aber auch die Unfähigkeit, ein bestimmtes Nahrungsmittel oder einen Nahrungsmitelbestandteil zu verdauen, verstanden. Diese Erscheinung heißt Nahrungsmittel-Intoleranz.

Beide Bedeutungen sind grundsätzlich unterschiedlich:

Bei der Allergie sieht das körpereigene Immunsystem fälschlich körperfremde Eiweiße aus der Nahrung als „Feind“ an und bildet Antikörper als vorbeugende Maßnahme gegen die nächste Begegnung mit dem Stoff. Geringste Mengen das allergieauslösenden Stoffes (Allergen) können damit schon Allergiesymptome auslösen.

Bei der Nahrungsmittelintoleranz hingegen hat der Körper die Fähigkeit verloren, einen bestimmten Stoff zu verdauen, oder diese Fähigkeit nie besessen, so dass die Symptome nur mittelbar und nicht durch die Reaktion der körpereigenen Abwehr auf das Nahrungsmittel ausgelöst werden. Die Intoleranz muss nicht vollständig sein, so dass geringe Mengen des Nahrungsmittels weiter verzehrt werden können. Erst Mengen, die über der Toleranzschwelle liegen, lösen Symptome aus. Die Symptome einer Nahrungsmittelintoleranz sind praktisch identisch mit denen, die beim Verzehr jedes anderen unverdaulichen Stoffes wie zum Beispiel Gras oder Papier auftreten und umfassen unter anderem Völlegefühl, Blähungen und Durchfall. Ein bekanntes Beispiel für eine Nahrungsmittelintoleranz, die sowohl erworben als auch angeboren auftreten kann, ist die Intoleranz gegenüber Milchzucker, bei der entweder im Erwachsenenalter zunehmend die Fähigkeit verloren geht, Milchzucker zu verdauen, oder diese Fähigkeit nie bestanden hat. Je nachdem wie vollständig der Verlust ist, können betroffene Menschen weiterhin geringe Mengen an Milchprodukten zu sich nehmen, ohne dass sich bei ihnen Symptome einstellen.